Fundador de la antigua "segunda división", el equipo fue fundado en 1949 por Alfonso Pachin Niembro y Raul Ayala, para que representara a la ciudad de Santiago de Querétaro en la Segunda División Nacional, inspirada de otras ligas Fue un par de años después cuando el licenciado Herrera Pozas "El Periquín" bautizó al equipo como Gallos, agregándose después el mote de Blancos, quedando el nombre que es popular hasta nuestros días. El equipo siempre estuvo a punto de ascender, la vez más cercana fue en 1976, cuando llegaron a la final contra Atlante, que ganaron.
Aproximadamente en esos años el equipo estableció rivalidad con otro equipo local llamado Estudiantes de Querétaro. Para finales de los setentas, los dos equipos rivales fueron comprados por un mismo dueño, el señor Presa cambiándoles el nombre a Atletas Campesinos y Atletas Industriales
[editar] Gallos de la UAQ y Querétaro FC
El equipo resurgió a principios de la década de los '80 con el nombre de Gallos Blancos de la UAQ, quienes lograron el subcampeonato de la Segunda división mexicana en 1987; sin embargo, en un tercer partido en el Estadio Azteca contra "Correcaminos", perdieron en la tanda de penaltis, después de haber padecido un trágico accidente que cobró la vida de tres de sus jugadores.
En 1988 surgió un equipo paralelo a los entonces gallos de la UAQ, este equipo se llamaba Querétaro FC (igual que el original) el cual militó 4 temporadas en la Primera división mexicana descendiendo finalmente en 1994.
En el año de 1999 se dio finalmente la unión de las 2 corrientes futbolisticas en Santiago de Querétaro y tomando el tan amado apodo de "gallos blancos" y el nombre original Querétaro FC, el equipo ha competido en segunda división, Primera división 'A' mexicana y la Primera división mexicana
Para el año 2002, el equipo estuvo dos temporadas en la Primera división mexicana con altibajos, hasta que en el 2004, la Federación decidió reducir el número de equipos de 20 a 18, sacrificando al Irapuato FC y al Querétaro, quienes habían ganado su permanencia en Primera con méritos propios, y retornando a la Primera división 'A' mexicana
En el Clausura 2005 logró levantar el título de Campeón de la Primera división 'A' mexicana y con ello terminar la sequía de 55 años sin ganar algún campeonato derrotando al Club León AC por 3:2 global.
En el Clausura 2006 logra coronarse por segunda año consecutivo y por primera vez en casa al derrotar 4-2 en penales a Indios de Ciudad Juárez, tras empatar 3:3 en el marcador global, en un partido que la afición queretana tardará en olvidar.
Menos de una semana después, los Gallos blancos tuvieron que enfrentar las definitivas finales por el ascenso a la Primera división mexicana contra el Puebla Fútbol Club, campeón del torneo Apertura 2005. Tras en el primer partido en Puebla ganar 2:1, llegaron a Querétaro a rematar el resultado con un contundente 3:0, asegurando el pase del equipo a la Primera división mexicana, por primera vez por métodos deportivos en 56 años.
El equipo cambio de dueño al ser adquirido por el empresario leonés Axel Bulle, quien encontró en Salvador Reyes Jr. al técnico para regresar al Querétaro a la Primera División tras ganar el campeonato Clausura 2006, en el cual logra coronarse por segunda año consecutivo y por primera vez en casa al derrotar 4-2 en penales a Club Indios, tras empatar 3-3 en el marcador global, en un partido que la afición queretana tardará en olvidar.
En un lapso no mayor al de una semana, los Gallos blancos tuvieron que enfrentar las definitivas finales por el ascenso a la Primera división mexicana contra el Puebla, campeón del torneo Apertura 2005. Tras haber ganado al Puebla FC 2-1 en el primer partido, llegaron a Querétaro a rematar el resultado con un contundente 3:0, asegurando el pase del equipo a la Primera división mexicana, por primera vez por métodos deportivos en 56 años.
En el torneo Clausura 2007, perdió la categoría tras la derrota en el último partido de la liga contra el Atlas y la victoria del Santos Laguna, su más próximo rival en el descenso, sobre el Cruz Azul quedando los cocientes de 1.0808 de Querétaro contra 1.147 de Santos.
En el torneo Apertura 2008 sale campeón venciendo al Club Irapuato por un global de 2-0, con esto ganó el derecho a jugar la final de ascenso hacia la Primera División Nacional en contra del Mérida, campeón del torneo Clausura 2009.
El 30 de mayo de 2009 se convierte en campeón de ascenso, tras derrotar en penales 7-6, a los Venados, lo que le dio el pase a la Primera División del fútbol mexicano.
En el bicentenario 2010 se mantuvieron en la primera división un año más después de 7 años sin lograr tal salvación.
En la jornada 7 del apertura 2010 el Querétaro FC hizo una buena actuación derrotando al Santos Laguna 5-2. Teniendo uno de sus mejores momentos en el fútbol mexicano en años.
Tras una temporada digna del recuerdo para la institución plumífera, en la que lograron batir su propio récord de puntos con 26 y victorias 8 por solo 2 empates y 7 descalabros. Gallos, de la mano del técnico debutante en México José Cardozo clasificó a su primera liguilla.
Más tarde lograron sorpresivamente eliminar a uno de los 4 grandes del fútbol mexicano el Guadalajara al ganar 2-1 en el juego de ida y empatar 0-0 en la vuelta en un partido en el que la afición del conjunto queretano vibró con la emoción de su primer liguilla por el título del fútbol mexicano, lamentablemente el sueño terminó luego de no poder concretar un gol como local en el juego de ida de la semifinal 0-0 y en la vuelta perder por 1-0, cabe destacar que el equipo perdió con una terrible desconcentración del central Manuel López Mondragón en favor del Club Tigres de la UANL, a la postre, campeón del certamen Apertura 2011.
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